กองควบคุมอาหารและยาสัตว์ จัดตั้งขึ้นตามคำสั่งกรมปศุสัตว์ เมื่อวันที่ 26 กันยายน 2556 ซึ่งเป็นการแบ่งส่วนราชการภายในกรมปศุสัตว์เพิ่มเติม ตามภารกิจของกรมปศุสัตว์ที่เพิ่มมากขึ้น และเหมาะสมกับสถานการณ์ปัจจุบัน ซึ่งเกิดจากการรวมหน่วยงานต่างๆดังนี้

  1. ส่วนควบคุมคุณภาพอาหารสัตว์ จากสำนักพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าปศุสัตว์ รับผิดชอบกำกับดูแล ตรวจสอบอาหารสัตว์ตามพระราชบัญญัติควบคุมคุณภาพอาหารสัตว์
  2. ส่วนยาสัตว์และวัตถุอันตราย จาก สำนักพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าปศุสัตว์ รับผิดชอบกำกับดูแล ตรวจสอบยาสัตว์ ตามพระราชบัญญัติยาและวัตถุอันตรายด้านการปศุสัตว์ ตามพระราชบัญญัติวัตถุอันตราย
  3. ฝ่ายรับรองโรงงานอาหารสัตว์ จากสำนักพัฒนาระบบและรับรองมาตรฐานสินค้าปศุสัตว์ รับผิดชอบดูแลการตรวจรับรองระบบประกันคุณภาพโรงงานอาหารสัตว์